Les collections présentes au musée proviennent en totalité des anciens services du précédent site de l’Ecole vétérinaire de Lyon sur les Quais de Saône de 1796 à 1977. Elles étaient destinées à l’enseignement de l’anatomie et de la tératologie d’une part et de la zoologie d’autre part.

Des squelettes complets d’oiseaux et de mammifères domestiques et sauvages, des animaux naturalisés et de nombreuses préparations servaient de support à l’étude des os, des muscles et des vaisseaux essentiellement des équidés et des bovins. Malheureusement très peu de pièces portent une signature et une date. Les plus anciennes et parfaitement conservées ont été préparées sur l’Ecole de la fin du XIX siècle. Des préparations en plâtre peint complétaient l’étude des organes de différentes espèces.

Pour l’étude des monstres une collection remarquable de monstruosités vient illustrer la classification publiée dans le traité de tératologie le Professeur FX LESBRE. Elle est constituée de préparations anatomiques sous différentes présentations de malformations localisées ou étendues à tout l’animal dans les différentes espèces.

Depuis 2012, afin de pouvoir mettre en valeur le patrimoine ancien de l’Ecole, le musée s’oriente vers une présentation de l’histoire de l’enseignement vétérinaire. Des planches anatomiques, des objets et du mobilier utilisés dans les laboratoires et des instruments d’usage courant dans la pratique de la médecine vétérinaire trouvent leur place entre les différentes vitrines. Des livres anciens et des cours manuscrits sont présentés au public pour illustrer le mode de transmission des connaissances depuis la création de l’Ecole de Lyon par Claude BOURGELAT en 1761.